Da gibt es mehrere Sachen, woran das liegen kann.
Meine Vermutung ist, dass dein USB-Stick nicht richtig "heruntergefahren" werden konnte.
Damit meine ich folgendes:
Bei einigen USB-Drives kann man zwar Daten auf einen Stick schreiben, aber diese werden nur in einem Zwischenspeicher abgelegt.
Das System spielt dir dann vor, dass die Daten auf dem Stick sind. In Wirklichkeit wird erst geschrieben, wenn du den Stick abmeldest.
Wenn du dann den Stick vom PC trennst, so kann es zu Problemen auf dem USB-Stick kommen. Diese will Windows automatisch reparieren und hängt sich dabei gerne auf.
Versuch einfach mal deinen Kartenleser an einen anderen USB-Port zu hängen.
Dadurch erkennt Windows die Treiber neu und kriegt das vielleicht wieder geordnet.